Vite après le début des apparitions de la Reine de la Paix, le grand public avait appris que les prêtres diocésains et les franciscains du diocèse de Mostar n'étaient pas d'accord au sujet de certaines questions. Ce conflit a été ouvert il y a cent ans et dure malheureusement encore aujourd'hui. Au niveau local, il n'était pas si grave, si le diocèse de Mostar n'était pas dans une région où les religions, les cultures et les civilisations se rencontrent, et au niveau mondial, il n'avait aucune signification, s'il ne s'agissait pas du diocèse où la Gospa était apparue. Ce conflit influence aussi la position de l'Eglise locale et de toute l'Eglise croate envers les apparitions. Il suffit de se souvenir qu'au début, l'évêque local, Mgr Zanic, croyait à l'authenticité des apparitions, mais que, pour des raisons inconnues, il avait changé sa position. En raison de la collégialité épiscopale, les évêques croates préfèrent depuis ne pas en parler. De nombreux personnages de l'Eglise ont suivi leur exemple, mais il y avait toujours des exceptions significatives.
Tout au contraire! Mgr Paul Hnilica fut un témoin courageux dans l’Eglise, de la grâce extraordinaire qui sourd de ce lieu. Elle est célèbre sa lettre aux groupes de prière liés à Medjugorje écrite en 1997. Nous en donnons quelques passages parce qu’ils réussissent à synthétiser, de façon très éloquente la valeur de l’événement Medjugorje.
Lorsque, les 24 et 25 juin 1981, les apparitions de la Vierge commencèrent dans la paroisse de Medjugorje, l'évêque du diocèse de Mostar-Duvno et Trebinje-Mrkanj était Mgr Pavao Zanic (1971-1993). Lui a succédé le Dr. Ratko Peric.