Kiedy 24-25 czerwca 1981 roku zaczęły się objawienia w parafii Medziugorje biskupem diecezji mostarsko-duvanjsko i trebinjsko- mrkanjskiej był Pavao Żanić (1971-1993). Po nim biskupem został dr Ratko Perić.
Niebawem po rozpoczęciu się objawień Królowej Pokoju dotarło do opinii publicznej, że w diecezji mostarskiej księża diecezjalni i franciszkańscy nie osiągnęli porozumienia w sferze ułożenia wzajemnych stosunków. Spór otwarty od ponad stu lat niestety trwa do dziś. W wymiarze lokalnym nie byłby tak bardzo zaogniony, gdyby nie fakt, że diecezja mostarska znajduje się na terenie, gdzie przeplatają się wyznania, kultury i cywilizacje, a w światowym wymiarze nie byłby to w ogóle problem, gdyby nie to, że jest to diecezja, w której objawiła się Maryja. Co oczywiście wpływa na stosunek Kościoła lokalnego i całego Kościoła chorwackiego wobec objawień Madonny. Należy jednak przypomnieć, że przez pierwszych kilka miesięcy lokalny biskup Pavao Zanić wierzył w prawdziwość objawień Maryi, a później z jemu jedynie znanych powodów zmienił stanowisko. Pragnąc zachować tzw. " kolegialność biskupią " od tego czasu biskupi Kościoła chorwackiego nie chcą ustosunkowywać się do komunikatów. Postępowały tak ważne osobistości kościelne, zdarzały się jednak wyjątki.
Podczas 2008 r., Ojciec Juan-Carlos LISA spędził 10 miesięcy w Medzigorju. Tuż przed wyjazdem do Argentyny dał swoje świadectwo dla Radia MIR Medziugorje i dla Glasnik mira.